明代叢書的發展不僅表現在數量上，而且表現在類型和體例上。就叢書性質而言，明代有綜合性叢書，也有專門性叢書，而且種數很多。明嘉靖年間何鏜編輯的《漢魏叢書》是我國第一部名實具備的綜合性叢書，所收主要為漢魏六朝著作，舊目有萬種。萬歷二十年歙縣程榮得其原稿，選刻三十八種，原分為經、史、子、集四籍，刊刻時集籍缺，實則經籍十一種，史籍四種，子集二十三種。不久何允中補刻增至七十六種，四部完整，并題名為《廣漢魏叢書》。

明代綜合性叢書中，最有影響的是明末常熟大藏書家和刻書家毛晉刻的《津逮秘書》，此書所收皆宋元以前舊籍，多有秘籍佚典，分帙15集，收書141種，752卷。內容包括經、史、典章制度、科學技術、志怪小說、詩話筆記、書法、繪畫等，分類編排。各書之后還有題跋，說明來歷、版本、作者、內容、并有所評論，所收的一些宋元說部以及唐宋詩文集也多據宋本，故后人對毛刻本非常珍視。明代有影響的綜合性叢書還有《金聲玉振集》，收書50余種，全書分為九類，主要記載明代初期政治、經濟、軍事、水利等方面的史料，價值很高。另外，陳繼儒的《寶顏堂秘籍》收入從漢到明的各類私家著述234種，共400卷，有不少是“官書之未收”、“通人之所未睹”的歷代秘籍。比較有影響的還有鐘人杰、張遂辰輯的《唐宋叢書》，收書103種，體例仿照《漢魏叢書》。至于胡文煥的《格致叢書》以收書多而有名，只是胡氏是位書商，意在牟利，其所收各書，多任意刪節變換，故而此書價值也大打折扣。

明代后期叢書編纂日趨專門化，專門性叢書有了很大的發展，如沈節甫輯的《紀錄匯編》，收書123種，216卷。專輯明開國初至嘉靖間本朝野史雜記，大體上明代初中期的重要史料，皆囊括其中;周學義輯的《子匯》專輯先秦至唐代的子書24種;高鳴鳳輯的《今獻匯言》收書39種，多為明人著作。還有臧懋循輯的《元曲選》，毛晉輯的《宋名家詞》，沈泰輯的《盛明雜劇》等等，均屬專門性叢書之列。

明代還有一部收輯道教典籍的著名叢書《道藏》，此書為明永樂年間，成祖朱棣敕命四代天師張宇初編輯，于正統九年開雕，到正統十年刊成，故名為《正統道藏》，此書共5305卷，為帙480函，冊數以《千字文》為序，始于天，終于英。萬歷三十五年，明神宗朱翊鈞又命五十代天師張國祥續刻《續道藏》180卷，凡32函，因此正、續《道藏》總計5485卷，512函。由于歷代子部諸籍，多輯入道藏以傳，所以“道藏本”多為學者所重視。然而宋、金、元三朝遞修本道藏，至元世祖時幾乎全部亡佚，而清代又沒有再修，所以明代的《道藏》刊本，尤顯珍貴。

盡管翻刻秘籍、印刷叢書在明代已形成一定的規模，但由于一些書商為了牟利，任意刪改，使許多叢書刊刻質量不高。把古籍大規模地纂輯成叢書，其鼎盛時期還是在清代的最后幾十年，刊印叢書的數量、種類、規模都遠超前代。

清前期朝廷為維護其統治，思想鉗制嚴重，文字獄迭興，統治者自康熙帝始，一方面實行文化專制，一方面又“稽古右文”，提倡推行儒家文化，多次命令儒臣們進行大規模的文獻整理和圖書編纂工作。許多學者因此在考據學、目錄學等文獻學領域開拓研究，做出了很大成績。在皇帝的倡導下，整理古代典籍、編纂類書、叢書也蔚然成風。

清代官修叢書以乾隆年間纂修的《四庫全書》最為著名。乾隆三十七年(1772年)先是皇帝接受安徽學政朱筠的建議，詔集海內遺書，次年二月設立四庫全書館。“四庫館”設正、副總裁，下設總閱、總纂、總校、繕書和翰林院提調、武英殿提調等六個處，還有督促、監造等官員。前后參與編纂的共360人。具體領導這項工作的是總纂官紀昀和校官陸費墀。加上繕寫、裝訂等項工作，參與其事的據說有4403人，規模之大，可見一斑。其中歷時10年，至乾隆四十六年末(1782年)，纂輯成我國歷中上最大的一部寫本叢書，此書凡3503種，79337卷，分裝6144函、36078冊。分為經、史、子、集四部，44類、66子目。收書基本包括先秦至清初的重要典籍，此外還有《四庫存目》的書共6793種，93551卷。另外還有《四庫全書總目提要》100卷。《四庫全書》編成后初定只寫四部，分藏四閣：北京故宮內的文淵閣，圓明園內的文源閣，盛京(沈陽)的文溯閣以及熱河避暑山莊的文津閣，以上合稱為“北四閣”。隨后乾隆又命添寫三部，分藏揚州大觀堂文匯閣，鎮江金山寺的文宗閣和杭州的文瀾閣，稱為“南三閣”。又另抄副本一部藏翰林院，合共八部。內廷四閣，非經特許不準閱覽，江浙三閣則準許士人入閣閱覽抄錄，以廣流傳。

由于卷帙浩瀚，遍覽不易，又于乾隆四十三年至四十五年間，由于敏中、王際華等擷其菁華匯為《四庫全書薈要》二部，各473種，19931卷，分藏于故宮內藻堂和圓明園味腴書屋。文宗、文匯、文源、翰林四部及味腴《薈要》于清代后期相繼毀于兵火，其余尚存于祖國大陸及臺灣。編修《四庫全書》既保存了古代重要典籍，又在古籍整理方法和校勘、輯佚等目錄學等方面對后代影響很大。

清代還有一部官修叢書十分著名：《武英殿聚珍版叢書》。乾隆三十八年，戶部右侍郎、總管內務府大臣、管理武英殿御書處奉宸苑事務金簡把從《永樂大典》中輯出來的罕見珍本秘籍，基本沿用元人王禎的活字版加以改進，用木活字刊印出來，定名為《武英殿聚珍版叢書》，凡138種。其中絕大部分為宋元人著述，少數為漢唐人著述。此書的刊印為保存《永樂大典》所遺之書做出了貢獻。

清代私刻叢書更是盛況空前，其中重要的綜合性叢書有：鮑延博輯的《知不足齋叢書》。此套書前后經歷50多年，共30集，收書226種，內容廣博，多為罕見的珍本秘籍，校勘精審，首尾完備，具有很高的價值，曾被后人爭相仿效。黃丕列輯的《士禮居叢書》，共收書23種。黃氏特別注重版本，是著名的校勘家，以仿刻宋元舊刻著稱，此書都是實用書籍，加上版本精良，校勘精善，故價值很高，一直為人們所珍視。張海鵬輯的《學津討原》共收書172種，20集。張氏精研經學，以剞劂古書自任，尤喜匯刻叢書。此書上自上古，下迄明代，不受地方限制，只要是有益于經史實用的書，都加輯入，并且都是按明原本不加刪節，所以此書內容非常豐富。同時，其中所輯之書都是四庫秘鈔，在每本書之后，還附有四庫提要，并另撰跋尾，說明此書原委。故而此叢書無論學術價值還是版本價值都高。除此以外，張氏還輯刻了《借月山房匯鈔》和《墨海金壺》二部綜合性叢書，前者收書137種，分為16集;后者收書150種。還有盧文紹輯的《抱經堂叢書》，收書17種。盧氏是乾隆時造詣很深的校勘家和刻書家，所以此書以校勘精審而著稱。另外還有畢沅輯的《經訓堂叢書》，收書22種，162卷;孫星衍輯的《平津館叢書》，收書43種。此二人與盧氏均是乾嘉時期知名樸學之士，皆擅長考訂校勘之學，所以這二部叢書也是考訂校勘十分精善的綜合性叢書。張潮輯的《昭代叢書》是一部斷代的綜合性叢書，采輯甚廣，兼及四部，所取全系清初人著述，分甲、乙、丙三集，后經楊復吉、沈懋德續輯和匯補，共成10集，561種。馬俊良輯的《龍威秘書》也較有影響，馬氏家中藏書甚富，自謂輯此書是“取漢魏以來叢

說之雋雅者，匯成一書”。全編收書169種，分為10集，每集前貫以類名，概述其內容。著名叢書還有錢熙祚輯的《守山閣叢書》。錢氏以《墨海金壺》殘版為基礎補訂了此書，收書112種，652卷。其中多從杭州文瀾閣中錄出，其他亦多據善本，如無善本可據，則廣引群籍以證之，或注按語，或附札記，采擇校勘十分精當，故阮元稱其書“采擇讎校之精，迥出于諸家叢書之上”。錢氏輯印了《守山閣叢書》以后，自謂有遺珠之憾，又摭取所余，輯成《珠叢別錄》，因除文史以外，還有較多常被人忽視的農圃、醫藥、百工技藝等著作，所以除校勘外，此書比《守山閣叢書》所收更為罕見是其又一大特點。清代著名的綜合類叢書還有許多，不勝枚舉。

清代私家輯印的著名的專門類叢書亦多不勝舉，幾乎經、史、子、集四部齊備。其中經部有正文義疏、經義、小學等類;史部有正史、編年、傳記、輿地等類;子部有諸子、儒、法、醫、天文、藝術等類;集部有總集、詩文評、詞集、戲曲等類。如阮元輯的《皇清經解》，收書188種，此書是解經之書，幾為清代學術精華之總匯，是對乾嘉時期學術著作的全面總結。再如成德輯的《通志堂經解》收書140種，分易、書、詩、春秋、三禮、孝經、論語、孟子、四書、總經解等類。姚瑩、顧沅和潘錫恩輯的《乾隆正氣集》，收周、漢、魏、晉、唐、宋、元、明諸代名人文集101種。王錫祺輯的《小方壺輿地叢鈔》分12帙，后又補編12帙。內容包括全國各地考略、中國歷代都邑考略、各地游記及外國的風土人情等等。還有顧龍振輯的《詩學指南》八卷，收書41種;吳汝倫輯的《漢魏六朝百三名家集選》收書73種;曹庭棟輯的《宋百家詩存》收書100種。凡此種種，不一而足。